우리나라에서 두번째로 세워진 장로교회이며, 백령도에 있는 모든 교회의 모교회(母敎會)이다. 가장 빠른 개혁의 길을 그리스도교를 수용하는 것이라고 믿은 개화파 정치인 허득(許得)이 황해도 소래교회의 도움을 받아 1898년 10월 9일 설립하였다.
이 교회를 중심으로 그리스도교가 급속하게 발전하였으며, 당시 황해도 지역의 선교를 지휘하던 언더우드 목사가 중화동교회의 초대 당회장이 되었다. 교회 바로 옆에 초기 그리스도교 선교 역사 박물관인 백령기독교역사관이 있다.